Чтобы убрать keywords и robots из секции head нужно заменить в файле шаблона header.php строку:

$APPLICATION->ShowHead();

Эта строка подключает на самом деле следующие строки:

<?php

echo '<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=' . LANG_CHARSET . '"' . ($bXhtmlStyle ? ' /' : '') . '>' . "\n";
$this->ShowMeta("robots", false, $bXhtmlStyle);
$this->ShowMeta("keywords", false, $bXhtmlStyle);
$this->ShowMeta("description", false, $bXhtmlStyle);
$this->ShowLink("canonical", null, $bXhtmlStyle);
$this->ShowCSS(true, $bXhtmlStyle);
$this->ShowHeadStrings();
$this->ShowHeadScripts();

Подробнее о функции в документации: ShowHead().

Таким образом вы можете заменить исходную строку этими, оставив из них только те, которые вам нужны.

Например, я оставил себе только строки:

<?php

$APPLICATION->ShowMeta('robots');
$APPLICATION->ShowHeadStrings();
$APPLICATION->ShowHeadScripts();
$APPLICATION->ShowCSS();

Да, я убрал даже строку:

$APPLICATION->ShowMeta('description');

Все потому, что я использую микроразметку Schema.org WPHeader для шапки сайта и добавляю эту строку отдельно сам. Но если вы эту микроразметку не используете, то эту строку, конечно, тоже оставляйте.

Как правильно добавить микроразметку для шапки, можете прочитать здесь.