Чтобы сделать случайный порядок вывода товаров в компоненте bitrix:catalog.section нужно задать ему параметр: 

<?php

Array(
   //...
   "ELEMENT_SORT_FIELD" => "RAND",
   //...
),

Также есть такой вариант, когда, например, у вас есть дополнительно еще массив ID товаров, по которому вы добавляете фильтр: 

<?php

$GLOBALS['productsFilter'] = [
    'ID' => $productIds, //массив ID товаров
];

shuffle($productIds); //перемешиваем массив

$APPLICATION->IncludeComponent(
    "bitrix:catalog.section",
    "",
    Array(
        //...
        "FILTER_NAME" => "productsFilter",
        "CUSTOM_ELEMENT_SORT" => ["ID" => $productIds],
        //...
    )
);

Также в этой статье есть альтернативный способ как сделать вывод товаров в указанном порядке.