Организовать логирование собственных скриптов в Битриксе можно через Журнал событий (/bitrix/admin/event_log.php?lang=ru). В логике своего кода можно добавить вызов функции для записи в журнал своих событий, какой-то информации и т.д.

Таким образом всегда просто в админке можно будет посмотреть такие логи, не залезая в файлы. По типам в таблице событий можно будет фильтровать, искать и т.д.

Привожу пример функции, с помощью которой можно добавлять свои записи в Журнал событий: 

<?php

function event_log($code, $value, $severity = 'DEBUG', $module = 'none', $id = 0)
{
    CEventLog::Log($severity, $code, $module, $id, !is_string($value) ? print_r($value, true) : $value);
}

Базово в нее достаточно передавать только $code и $value, т.е. тип события и описание. Этого уже будет достаточно, чтобы увидеть эту запись в таблице Журнала событий в административной части. Находится по адресу /bitrix/admin/event_log.php?lang=ru.